Repository of Research and Investigative Information

Repository of Research and Investigative Information

Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences

SCCmec تایپینگ و تعیین الگوی ژنومی سویه های methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA ) جدا شده از نمونه های بالینی بیماران بستری شده درمراکز آموزشی درمانی شهر اهواز توسط روش های Multiplex PCR، electrophoresis gel Pulsed-field ( PFGE) و Spa Typing

عباسی منتظری, عفت (2015) SCCmec تایپینگ و تعیین الگوی ژنومی سویه های methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA ) جدا شده از نمونه های بالینی بیماران بستری شده درمراکز آموزشی درمانی شهر اهواز توسط روش های Multiplex PCR، electrophoresis gel Pulsed-field ( PFGE) و Spa Typing. PhD thesis, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran,School of Medicine دانشکده پزشکی

[img] Text
m102164.pdf

Download (1MB)

Abstract

مقدمه: S. aureusمقاوم به متی سیلین (MRSA) یک پاتوژن اصلی و بالقوه بیمارستانی با مرگ و میر بسیار بالا می باشد. مقاومت به متی سیلین درسویه های MRSAدر اثر اکتساب ژن mecA ایجاد می شود. ژن mecA. بر روي يک جزیره ژنومی متحرک به نام کاست کروموزومی استافیلوکوکی SCCmec قرار گرفته است. تا کنون 11 تيپ اصلي SCCmec ( تيپ هاي I-XI) شناسايي شده است .امروزه روش های ژنوتایپینگ مختلفی جهت بررسی های اپیدمیولوژی ، تعیین الگوی انگشت نگاری و تهیه بانک های اطلاعاتی سویه های MRSA در جهان کاربرد دارد. این مطالعه با هدف ، SCCmec تایپینگ و تعیین الگوی ژنومی سویه های MRSA جدا شده از نمونه های بالینی بیماران بستری شده درمراکز آموزشی درمانی شهر اهواز توسط روش های Multiplex PCR ( PFGE) و Spa typing انجام گرفت. روش کار: در طی 2 سال ( خرداد 1391 تا اسفند 1392 )، تعداد 240 ایزوله MRSA از بیمارستان های گلستان ، طالقانی ، رازی و امام خمینی شهر اهواز جمع آوری گردید. حساسیت آنتی بیوتیکی و حداقل غلظت مهارکنندگی با استفاده از دیسک آگار دیفیوژن و E-test بر اساس پروتوکل CLSI انجام گردید. تعیین الگوی ژنومی ، بررسی پلی مورفیسم SCCmecو Spa typing و همچنین شناسایی ژنهای 16s rRNA ،nuc و mecA با استفاده از روش های PFGE، PCR Multiplex- ، PCR و Sequencing مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج: میزان فراوانی سویه های MRSAدرچهار بیمارستان فوق 9/55% به دست آمد که کمترین میزان فراوانی سویه های MRSA، در بیمارستان امام 78/34% و بیشترین میزان در بیمارستان طالقانی2/88 % مشاهده شد. اکثریت سویه های MRSA از نمونه های زخم جدا شدند (7/56%) و بیشترین فراوانی سویه های MRSA مربوط به بخش مراقبت های ویژه ( 3/28 %) بود. تمام سویه ها نسبت به آنتی بیوتیک های لینزولید ، تیگی سیکلین و ونکومایسین حساس بودند. در بررسی MIC ، تمام سویه ها به اگزاسیلین ، تیگی سیکلین و لاینزولید حساس بودند. مقاومت حد واسط نسبت به ونکومایسین در 4/5 % سویه ها مشاهده شد. تایپ SCCmec type III ، فراوان ترین تایپ SCCmec( 2/64%) در منطقه مشاهده گردید. سایر تایپ های SCCmec به ترتیب شامل type IV ، type I ، type V و type II بودند. 95% از سویه های SCCmec type III علاوه بر آنتی بیوتیک های بتالاکتام به آنتی بیوتیک های دیگر از قبیل آزیترومایسین، ، سفتریاکسون، سیپروفلوکساسین، کلاریترومایسین و اریترومایسین مقاوم بودند. بر اساس آنالیزPFGE بر روی 50 سویه MRSA، 8 پالسوتایپ مشاهده شد که بیشتر ایزوله ها (44%) در گروه A پالسوتایپ قرار گرفتند. طبق روش Spa typing و Sequencing، 23 تایپ مختلف مشاهده گردید که شایع ترین Spa type در 4 بیمارستان ، t037 با فراوانی 55% (132 سویه MRSA) بود. بحث و نتیجه گیری: نتایج این مطالعه نشان دهنده میزان شیوع بالای سویه های MRSA در منطقه بخصوص در بیمارستان طالقانی می باشد . اغلب بیماران مورد مطالعه به سویه های MRSA با SCCmec type III و متعلق به پالسوتایپ A آلوده شده بودند. همچنین الگوی t037 : Spa type شایع در منطقه همانند سایر کشورهای آسیایی بود که همگی بیانگر گسترش سویه های MRSA با مقاومت چندگانه آنتی بیوتیکی می باشد. این مسئله می تواند یک هشدار جدی به پزشکان و بخش های کنترل عفونت در سیستم های بهداشتی در جهت مصرف صحیح آنتی بیوتیک ها و کنترل عفونتها و جلوگیری از شیوع عفونت ها با سویه های MRSA با مقاومت چندگانه می باشد. Introduction: Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major human pathogen and a common cause of hospital-acquired infections. Resistance to methicillin is due to the acquisition of mecA gene that is located on the staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec). SCCmec elements are classified into 11 main types of I to XI. Nowadays, wide variety of techniques are used for genotyping and understanding the molecular epidemiology of MRSA worldwide. The aim of this study was to investigate SCCmec typing and Genomic analysis among MRSA strains isolated from clinical samples in Ahvaz teaching hospitals by Multiplex- PCR , PFGE & Spa typing. Materials and Methods: In a two year study, a total of 240 non duplicate strains of MRSA were collected from four teaching hospitals in Ahvaz, Iran. Qualitative and quantitative antimicrobial susceptibility testing were determined by agar disk diffusion method and E- test according to Clinical and Laboratory Standards Institute(CLSI) guideline.The PFGE analysis , SCCmec typing, Spa typing and the presence of 16s rRNA, nuc, mecA were determined by PCR and Multiplex- PCR. Results: The rate of methicillin resistance was 88.2% and 34.78% in Taleghani and Emam Khomeini Hospitals respectively. The majority of resistant isolates (56.7%), were belonged to wound culture and to intensive care unit ( 28.3%). All MRSA isolates were susceptible to linezolid, tigecycline and vancomycin according to agar disk diffusion method, however by MIC method, 5.4% of isolates showed intermediate resistance to vancomycin (VISA). SCCmec type III was the most prevalent type (64.2% ) among MRSA isolates. At least 95% of SCCmec type III isolates, were multidrug resistant, and in addition to resistance to B-lactam antibiotics, they showed resistance to erythromycin, azithromycin, clarithromycin , cefepime and ciprofloxacin. PFGE analysis yielded 8 pulsotypes, in which the majority of isolates (44%) belonged to PFGE type A. Based on Spa typing and sequencing, 23 different types were noticed and the frequent spa type was t037(55%). Conclusions: The present finding from indicated a high prevalence of MRSA in Taleghani Burn Hospital. The majority of patients were infected by MRSA strains with SCCmec type III and pulsotypes A. The frequency of Spa type t037 in the present study was similar to reports from other Asian countries and reflecting a widespread of MRSA strains with multidrug resistance. Molecular typing is a useful tool for the characterization of MRSA clonal types and suggest a continuous surveillance of MRSA infections and developing the strategies for control of MRSA strains with multidrug resistance.

Item Type: Thesis (PhD)
Subjects: Q Science > QR Microbiology
Divisions: Faculty of Medicine, Health and Life Sciences > School of Medicine
Depositing User: آقای بهرام سوسنی غریب وند
Date Deposited: 06 Oct 2018 10:34
Last Modified: 06 Oct 2018 10:34
URI: http://eprints.ajums.ac.ir/id/eprint/20379

Actions (login required)

View Item View Item