Repository of Research and Investigative Information

Repository of Research and Investigative Information

Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences

جداسازی و شناسایی سویه های اسینتو باکتر بومانی تولید کننده کارباپنماز واجد ژن های NDM-1، TEM-1 و PER-1 جدا شده از بیماران بستری در بیمارستان های آموزشی گلستان و امام خمینی اهواز به روش دیسک ترکیبی و PCR Isolation and identification of carbapenemase producing Acinetobacter baumannii containing NDM-1, TEM-1and PER-1 genes in hospitalized patients in the hospitals of Golestan and Emam Khomeini , Ahvaz , Iran by combination Disk and PCR

شمس, نسیم (2016) جداسازی و شناسایی سویه های اسینتو باکتر بومانی تولید کننده کارباپنماز واجد ژن های NDM-1، TEM-1 و PER-1 جدا شده از بیماران بستری در بیمارستان های آموزشی گلستان و امام خمینی اهواز به روش دیسک ترکیبی و PCR Isolation and identification of carbapenemase producing Acinetobacter baumannii containing NDM-1, TEM-1and PER-1 genes in hospitalized patients in the hospitals of Golestan and Emam Khomeini , Ahvaz , Iran by combination Disk and PCR. Masters thesis, دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز، اهواز، ایران Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran,دانشکده پزشکی

[img]
Preview
Text
m120625.pdf.pdf

Download (1MB) | Preview

Abstract

مقدمه : اسینتوباکتر بومانی به عنوان پاتوژن مهم فرصت طلب در بروز عفونت های بیمارستانی نقش دارد. امروزه میزان افزایش مقاومت به دارو در میان سویه های اسینتوباکتر بومانی یک نگرانی بزرگ در سرتا سر جهان است. رایج ترین مکانیسم مقاومت تولید بتالاکتامازها و کارباپنماز ها می باشد که ژن آن ها اغلب بر روی عناصر ژنتیکی متحرک مانند پلاسمید ها قرار دارند. لذا هدف از این مطالعه تعیین الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی و فراوانی ژن های NDM-1، TEM-1 و PER-1 درایزوله های اسینتوباکتر بومانی جدا شده از بیماران بستری در بیمارستان بود. روش کار : ایزوله های اسینتوباکتر از نمونه های بالینی نظیر خون ، ادرار ، تراشه ، ترشحات تنفسی ، زخم و ... از آذر سال 1393 تا پایان بهمن ماه سال 1394از بیمارستان های آموزشی گلستان و امام خمینی اهواز جمع آوری گردیدند. به منظور خالص سازی و تعیین قطعی ایزوله ها ، نمونه های جمع آوری شده ابتدا بر روی محیط مکانکی آگار کشت داده شدند و در صورت مشاهده رشد پس از رنگ آمیزی گرم و مشاهده کوکوباسیل های گرم منفی نسبت به انجام تست های بیوشیمیایی استاندارد نظیر TSI (Triple Sugar Iron Agar ) ، تست های اکسیداز ، کاتالاز ، کشت بر روی مکانکی آگار و انکوباسیون در حرارت های 37 درجه و 42 درجه سانتی گراد ، تست سیترات ، مالونات ، تست حرکت و کشت بر روی محیط OF( Oxidative-Fermentative) حاوی قند گلوکز اقدام و به این ترتیب به صورت مقدماتی به عنوان اسینتوباکتر بومانی و تعیین قطعی ایزوله ها با استفاده از تکثیر ژن OXA-51 که به صورت ذاتی در اسینتوباکتر بومانی وجود دارد با روش PCR تاییدگردید. برای تعیین الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی از روش دیسک دیفیوژن استفاده گردید. شناسایی سویه های تولید کننده بتالاکتاماز به وسیله دیسک ترکیبی ، شناسایی سویه های تولید کننده کارباپنماز با روش Modified Hodge Test ( MHT) با استفاده از رهنمودهای CLSI مورد بررسی قرار گرفت. و سپس تشخیص ژن های NDM-1، TEM-1 و PER-1 با روش PCR انجام شد. نتایج : در این مطالعه از تعداد 183 ایزوله مشکوک به اسینتوباکتر جدا شده از نمونه های بالینی مختلف ، تعداد (5/82 %) 151 ایزوله پس از انجام روش های استاندارد ، انجام تست های بیوشیمیایی به صورت مقدماتی به عنوان اسینتوباکتر بومانی و تعیین قطعی ایزوله ها با استفاده از تکثیر ژن OXA-51 که به صورت ذاتی در اسینتوباکتر بومانی وجود دارد با روش PCR تاییدگردید. تمامی ایزوله های شناسایی شده با تست های بیوشیمیایی حاوی ژن OXA-51 بودند. پس از بررسی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی بیشترین مقاومت آنتی بیوتیکی اسینتوباکتر بومانی نسبت به سیپروفلوکساسین با 4/97 درصد و کمترین مقاومت نسبت به کلیستین 3/1 درصد تعیین گردید. از 151 نمونه اسینتوباکتر بومانی تنها دو مورد (3/1 %) به عنوان ESBL و 71 ایزوله (47 %) از نظر تولید کارباپنماز مثبت شناسایی شدند. همپنین فراوانی ژن های TEM-1 و PER-1 با استفاده از روش PCR به ترتیب 4/36 % و 2/25 % تعیین گردید. هیچ کدام از سویه ها واجد ژن NDM-1 نبوند. نتیجه گیری : نتایج این مطالعه مقاومت های چندگانه¬ی ایزوله های اسینتوباکتر بومانی را در عفونت ها نشان می دهد. عدم تطابق نتایج روش دیسک ترکیبی با روش PCR در مورد شناسایی فنوتیپی ESBLS ایزوله های اسینتو باکتر بومانی ، در مطالعه حاضر بیانگر این است که دیسک ترکیبی ، روش دقیقی برای شناسایی سویه های تولید کننده بتالاکتاماز در اسینتو باکتر بومانی نمی باشد. از علل احتمالی این عدم تطابق می توان به مکانیسم های مختلف مقاومت اسینتوباکتر بومانی در برابر آنتی بیوتیک ها اشاره کرد. تایید نتایج روش فنوتیپی MHT با روش PCR ، نشان دهنده این است که MHT روشی قابل اعتماد برای غربالگری سویه های واجد کارباپنماز می باشد. شیوع سویه های اسینتوباکتر بومانی تولید کننده کارباپنماز شناسایی شده در این مطالعه نگران کننده می باشد که نیاز به اقدامات کنترل عفونت از جمله مدیریت مصرف آنتی بیوتیک ها و شناسایی سریع ایزوله های مقاوم می باشد. Introduction: Acinetobacter baumannii, as a significant opportunistic pathogen, is responsible for nosocomial infections. The production of beta-lactamase and carbapenemases is the most common mechanism of resistance, which their genes are on the mobile genetic elements such as plasmids. The aim of this study was to determine of antibiotic resistance pattern and frequency of carbapenemase genes of TEM-1, PER-1 and NDM-1 between A. baumannii strains isolated from hospitalized patients. Material & Methods: In this study the clinical isolates of A. baumannii were collected from the specimes such as blood, urine, tracheal secretions, respiratory tract, wound and etc, from the hospitalized patients of Imam Khomeini and Golestan teaching hospitals of Ahvaz during Nov. 2014 to Feb. 2015. All isolates were identified by biochemical tests including Gram stain, oxidase test, fermentative and oxidative properties, growth at 42°C, and citrate and malonate tests. The PCR of bla OXA-51-like genes was used as a final confirmation which shows the natural presence of A.baumannii species. The disk diffusion method was used to evaluate Antibiotic’s susceptibility pattern. The ESBL producer isolation was determined by the combination disk test and the carbapenemases production were determined by the Modified Hodge Test (MHT) according to CLSI guidelines. Then, TEM-1, PER-1 and NDM-1 genes were detected by PCR. Results: Among the total of 183 suspected isolates to Acinetobacter, A. baumannii identified in 151 (82.5 %) them by standard biochemical tests and by using the PCR method, we investigated that the OXA-51 gene was naturally presence too. The highest resistance was determined to ciprofloxacin (97.3 %), whereas the lowest resistance was observed to colistin (98.7%). The result of combination disk test showed that among of 151 A. baumannii isolates, 1.3% were ESBL positive, while by using MHT, 47.1% were carbapenemase producers. These results showed that the prevalence of TEM-1and PER-1 genes was 36.4 % and 25.1 %, respectively. NDM-1 gene didn’t detected among each of A. baumannii isolates. Conclusion: According to our results, there was a high of Acinetobacter isolates resistance to the third generation of carbapenem antibiotics. The unsignificant results of combination disk to phenotype investigation of ESBLS by using PCR isolated A.baumannii, indicated that combination disk cannot use as an exact method to determine the ESBL production isolated in A.baumannii. The prevalence of carbapenemase producing A. baumannii strains detected in this study, is a major concern and highlights the infection control measures such as antibiotic management protocols and rapid identification of resistant strains.

Item Type: Thesis (Masters)
Keywords: اسینتوباکتر بومانی ، مقاومت آنتی بیوتیکی ، ESBL ، کارباپنماز ، Modified Hodge Test Acinetobacter baumannii, Antibiotic resistance, Carbapenemase, ESBL, MHT
Subjects: Q Science > QR Microbiology
Divisions: Faculty of Medicine, Health and Life Sciences > School of Medicine
Depositing User: آقای بهرام سوسنی غریب وند
Date Deposited: 19 Mar 2017 13:11
Last Modified: 19 Mar 2017 13:11
URI: http://eprints.ajums.ac.ir/id/eprint/3395

Actions (login required)

View Item View Item