Repository of Research and Investigative Information

Repository of Research and Investigative Information

Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences

تعیین مشخصات مولکولی و طراحی مدل سه بعدی آلرژن شبه Ole e1 گرده گیاه کهور(Prosopis juliflora) و پیش بینی اپی توپ های شاخص سلول B با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک Molecular Characterization and 3-dimensional (3D) modeling of Ole e1 like allergen from Prosopis juliflora pollen and prediction of dominant B cells epitopes using bioinformatics tools

دوستی, فاطمه (2016) تعیین مشخصات مولکولی و طراحی مدل سه بعدی آلرژن شبه Ole e1 گرده گیاه کهور(Prosopis juliflora) و پیش بینی اپی توپ های شاخص سلول B با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک Molecular Characterization and 3-dimensional (3D) modeling of Ole e1 like allergen from Prosopis juliflora pollen and prediction of dominant B cells epitopes using bioinformatics tools. Masters thesis, دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز، اهواز، ایران Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran,دانشکده پزشکی

[img]
Preview
Text
m119106.pdf.pdf

Download (729kB) | Preview

Abstract

مقدمه :آلرژینسبتبهگردهگیاهکهوریکیازشایعتریندلایلآلرژیتنفسیدرمناطقگرمسیریاست. درختکهور (Prosopis juliflora)،ازدرختانگلدارمتعلقبهخانوادهفاباسیهبودهکهدرمناطقخشکونیمهخشکسراسرجهانرشدمیکند. هدف:هدفاینمطالعهکلونکردنآلرژنشبه Ole e 1 گردهگیاهکهور (Pro j 1) وارزیابیهمولوژیتوالینوکلئوتیدیآنباآلرژنشبه Ole e 1 گیاهانآلرژیزایرایج،جهتپیشبینیواکنشمتقاطعآلرژیکمیباشد. موادوروشها: پسازاستخراج RNA ازگردهوسنتز cDNA،کلونینگقطعهرمزدهندهآلرژنشبه Ole e 1 گیاهکهور،بااستفادهازواکنش PCR وپرایمرهایدژنرهکهبراساستوالیهایآلرژنشبه Ole e1 گیاهیطراحیشدهبود،انجامگردید. ابتداژنبااستفادهازسیستم ToP10-pTZ57R/T کلونشدهوسپستعیینتوالیگردید. پسازآنتوالیاسیدآمینهایونوکلئیکاسیدیآلرژنشبه Ole e 1 گردهگیاهکهورباتوالیآلرژنشبه Ole e 1 هایگیاهانموردمطالعهمقایسهشد. همچنینبهکمکابزارهایبیوانفورماتیکمدلسهبعدیآلرژنشبه Ole e 1 گردهگیاهکهورطراحیو با ستفاده از نرم افزار های پیش بینی کننده، اپی توپ های شاخص سلول B شناسایی و معرفی گردید. یافتهها:توالیقطعهرمزدهنده cDNA آلرژنشبه ole e 1 گردهگیاهکهوریکقالبقابلترجمه 453bpرانشاندادکهپروتئینیبا 150 اسیدآمینهرارمزدهیمینماید. وزنمولکولیپیشبینیشدهبرایاینپروتئین 5/16 کیلودالتونو PHi تئوریکآن75/4 است. توالیآمینواسیدیو cDNA آلرژنشبه Ole e 1 کهورتشابهزیادیباتوالیآلرژنشبه Ole e 1 سایرگیاهانموردمطالعهداشت. نتایجحاکیازتشابهقابلتوجهآلرژنشبه Ole e 1 کهورباگیاهسلمهتره (93%) بود.همچنین پیش بینی می شود که توالی های آمینو اسیدی 92-80، 116-108، 142-124 به عنوان اپی توپ های شاخص سلول Bمطرح باشند. نتیجهگیریPro j 1: دومینآلرژنازگردهگیاهکهور،بهعنوانعضویازخانوادهآلرژنهایشبه Ole e 1 شناساییشد. توالیژنیاینآلرژندربانکژنی NCBI GenBank باشمارهدسترسیKR870436 بهثبترسیدهاست. آنالیزتشابهتوالیآمینواسیدیونوکلئیکاسیدی،میزانبالاییازهمولوژیبینآلرژنشبه Ole e 1 گردهگیاهکهوروسایرآلرژنهایشبه Ole e 1 آلرژیکگیاهانرانشانداد و همچنین اپی توپ های شاخص آلرژن شبه Ole e 1 پیش بینی گردید. Background:Allergy to pollen Mesquite is one of the most common causes of respiratory allergies in the tropicarias. Mesquite tree (Prosopis juliflora), is commonly species of flowering plant from the Fabaceace family which is grows in tropical and subtropical aria in all of the word. Objective: This study aimed to clone Mesquite pollen Ole e 1-like Allergen and evaluate nucleotide sequence homology between the pollen Ole e 1-like Allergens ofProj1 and Ole e 1-like Allergens of common allergenic plants to predict allergenic cross-reactivity Materials and methods: Following RNA extraction and cDNA synthesis, cloning of the complete open reading frame of Mesquite Ole e 1-like Allergen was performed by polymerase chain reaction using specific primers based on previous reported sequences for Ole e 1-like Allergen. The TOP10-PTZ57R/T system was selected to clone the Mesquite Ole e 1-like gene, and then, it was subjected to sequencing. Comparison of Mesquite Ole e 1-like Allergen nucleotide and amino acid sequences with those of Ole e 1-like Allergens of the selected plants was performed. Moreover, 3D structure of Mesquite Ole e 1-like Allergen was determined by homology modeling and by using of predictive software,dominant B cell epitopes has been identified. Results: The coding sequence of Mesquite Ole e 1-like Allergen cDNA was found to be a 453-bp open reading frame that encoded for a protein of 150 amino acids, with a calculated molecular weight of 16.527 kDa and a pHi of 4.75. cDNA and deduced amino acid sequence of Mesquite Ole e 1-like Allergen were highly homologous to the sequences of other plant Ole e 1-like Allergens. The results showed that a high degree of sequence homology (93%) between Ole e 1-like Allergen of Mesquiteand C. album.It is also predicted that amino acid sequences 92-80, 116-108, 142-124 as an dominant B-cell epitopes to be discussed. Conclusion:Pro j 1, the second allergen from P. Fabaceace pollen, was identified to belong to the family of Ole e 1-like Allergen. The sequence of this allergen was submitted to the NCBI GenBank (Accession No. KR870436). Nucleotide and amino acid identity analysis revealed that there was a high degree of homology between Mesquite pollen Ole e 1-like Allergen and other allergenic Ole e 1-like Allergens form regional plants,also dominant B cell epitopes of Mesquite pollen Ole e 1-like Allergen was predicted.a

Item Type: Thesis (Masters)
Keywords: کهور،آلرژنشبه Ole e 1،کلونینگ،همولوژی Prosopis juliflora, Ole e 1-like Allergen, Cloning, Hemology
Subjects: Q Science > QR Microbiology
Q Science > QR Microbiology > QR180 Immunology
Divisions: Faculty of Medicine, Health and Life Sciences > School of Medicine
Depositing User: آقای بهرام سوسنی غریب وند
Date Deposited: 23 Mar 2017 09:42
Last Modified: 23 Mar 2017 09:42
URI: http://eprints.ajums.ac.ir/id/eprint/3503

Actions (login required)

View Item View Item